گروه آموزشی کودکان در سال 1368 به عنوان یکی از گروههای آموزشی بالینی دانشکده پزشکی تشکیل گردید.

این گروه یکی از قدیمی­ ترین گروه­‌های آموزشی دانشکده پزشکی است که از سال 1368 تحت عنوان گروه جراحی عمومی به­ عنوان یکی از گروه‌­های اصلی دانشکده مشغول فعالیت شد. طی 10 سال اخیر جراحی قلب نیز به آن اضافه شد. در حال حاضر این گروه 11 عضو هیئت علمی که علاوه بر جراح عمومی فلوشیپ جراحی لاپاراسکوپی، پستان و فوق تخصصهای جراحی قلب، جراحی توراکس، جراحی دست، جراحی اطفال و جراحی فک و صورت می باشد.

گروه جراحی تخصصی مشتمل بر دو بخش ارتوپدی، اورولوژی می باشد. این گروه تا سال 1391 جزو گروه جراحی عمومی بوده و از آن سال از گروه مذکور منفک گردید. همچنین جراحی مغز و اعصاب تا سال 1394 جزو این گروه بوده و با توجه به پذیرش دستیار تخصصی از این گروه جدا شده و تحت عنوان گروه جراحی تخصصی مغز و اعصاب در حال خدمت رسانی به بیماران نیازمند و فراگیران پزشکی می باشد. هم اکنون گروه جراحی تخصصی شامل دو بخش ارتوپدی و اورولوژی می باشد.

گروه بیماری‌های عفونی در سال 1365 به همت آقای دکتر محمود خانبانپور اولین پزشک متخصص عفونی کاشان راه اندازی شد و محل اولیه آن در محل فعلی اورژانس شهر بود. در ابتدا اینترنهایی که اهل کاشان بوده از دانشگاههای دیگر مهمان این دانشگاه میشدند در بخش حضور داشتند. پس از مدتی آقای دکتر احمد خلیفه سلطانی برای گذارندن تعهدات خویش به این بخش آمدند. با انتقال بخش به بیمارستان شهید بهشتی و اضافه شدن آقای دکتر افضلی و آقای دکتر علیرضا شریف گروه عفونی با مدیریت آقای دکتر خلیفه سلطانی شکل گرفت. بتدریج با ورود دانشجویان پزشکی و سپس اینترنها برنامه های آموزشی گروه شکل منسجم به خود گرفت و در سال 1389گروه موفق به اخذ مجوز برای پذیرش دستیار شد.

گروه مغز و اعصاب مجوز پذیرش دستیار رشته مغز و اعصاب در دانشگاه علوم پزشکی کاشان را از سال 1390 اخذ نمود.

گروه ENT همزمان با تشکیل دانشکده پزشکی به صورت مشترک با چشم پزشکی به عنوان بخشی از گروه جراحی در بیمارستان متینی فعالیت خود را آغاز کرد. به تدریج با گسترش دانشکده پزشکی از نظر تعداد اعضاء هیأت علمی گروه چشم و گوش، حلق و بینی به عنوان یک گروه مشترک تصویب شد. پس از مدتی در سال 1382 به عنوان گروه مستقل گوش، حلق و بینی شناخته شد.

گروه چشم پزشکی همزمان با تشکیل دانشکده پزشکی به صورت مشترک با گروه گوش، حلق و بینی به عنوان بخشی از گروه جراحی در بیمارستان متینی فعالیت خود را آغاز کرد. به تدریج با گسترش دانشکده پزشکی از نظر تعداد اعضاء هیأت علمی گروه چشم و گوش، حلق و بینی به عنوان یک گروه مشترک تصویب شد. پس از مدتی در سال 1382 به عنوان گروه مستقل چشم پزشکی شناخته شد.

گروه بیهوشی دانشگاه علوم پزشکی کاشان از شهریور 1389 مجوز پذیرش دستیار رشته بیهوشی را اخذ نمود.

گروه روانپزشکی از سال 1370 به عنوان بخشی از گروه داخلی فعالیت خود را در بیمارستان اخوان آغاز کرد و در سال 1387 همزمان با پذیرش دستیار در رشته روانپزشکی به صورت گروه مستقل به فعالیت خود ادامه داد.

از ابتدای تأسیس دانشگاه علوم پزشکی و خدمات بهداشتی درمانی کاشان در سال 1365 همزمان با آغاز برنامه های آموزشی پزشکی جامعه محور(community based education) فعالیت‌های گروه پزشکی اجتماعی تحت عنوان گروه بهداشت در دانشکده بهداشت جهت آموزش اصول مراقبت های بهداشتی برای کلیه رشته‌ها و دانشکده‌ها آغاز شد سپس با استقلال این گروه در دانشکده پزشکی فعالیت‌های آموزش پزشکی جامعه‌نگر در دانشکده پزشکی انحصارا توسط این گروه با نام پزشکی اجتماعی ادامه یافت. در بدو تشکیل با 3 عضو هیأت علمی و 2 کارشناس شروع به کار کرد، فعالیت‌های آموزشی پزشکی اجتماعی از سال 1382در قالب دوره‌های کارآموزی و کارورزی در راستای تربیت پزشکان آگاه به مسائل مدیریت بهداشتی و نظام سلامتی از برنامه‌های این گروه آموزشی است تا براساس آن، این افراد قادر باشند با اعتماد به نفس بالا و دید جامعه نگر مدیریت ارائه خدمات بهداشتی کشور را در راستای اجرای مراقبت‌های عملی بهداشتی جهت تامین، حفظ و ارتقاء سلامتی به عهده گیرند.

گروه جراحی مغز و اعصاب فعالیت خویش را در بخش جراحی مغز و اعصاب در بیمارستان نقوی از سال 1370زیر نظر گروه جراحی عمومی آغاز نمود. در سال 1390 گروه جراحی اختصاصی از گروه جراحی عمومی جدا و به عنوان گروه مستقل شروع بکار نمود و گروه جراحی اختصاصی به بیمارستان بهشتی انتقال یافت. این گروه شامل گروه‌های ارتوپدی، اورولوژی و جراحی مغز و اعصاب بود که مدیر گروه آن آقای دکتر خسروی جراح متخصص ارتوپدی بود. بخش جراحی سه مغز و اعصاب و ICU دو به بیماران جراحی اختصاص یافت. در سال 1394 گروه جراحی مغز و اعصاب با پذیرس دستیار از گروه جراحی اختصاصی جدا و به عنوان گروه مستقل با مدیریت آقای دکتر اسماعیل فخاریان شروع بکار نمود به این گروه هر سال دو دستیار تخصصی اضافه میشود. این گروه در آموزش دستیاران گروه نورولوژی نیز نقش دارد ودستیاران نورولوژی دوره چرخشی آموزشی در این گروه میگذرانند