گروه آسیب‌شناسی در سال 1365 به همت آقای دکتر اردشیر طالبی، متخصص پاتولوژی، راه اندازی شد. محل اولیه بخش بالینی آن در بیمارستان شهید بهشتی طبقه زیرزمین و گروه آموزشی، طبقه دوم دانشکده بود که پس از مدتی هر دو قسمت به دانشکده پزشکی منتقل شد که مجددا با تفکیک گروه آموزشی از بالینی، قسمت بالینی به بیمارستان نقوی انتقال داده شد و پس از آموزشی شدن و دانشگاهی شدن بیمارستان شهید بهشتی، بخش بالینی مجددا به بیمارستان شهید بهشتی انتقال یافت و در حال حاضر گروه آموزشی در طبقه دوم دانشکده پزشکی و بخش بالینی در طبقه زیرزمین بیمارستان شهید بهشتی می باشد.

گروه انگل و قارچ‌شناسی همزمان با تاسیس دانشکده علوم پزشکی کاشان در سال 1365 تحت عنوان گروه پاتوبیولوژی آغاز بکار نمود. 7 سال بعد یعنی در سال 1372 به­ عنوان یکی از گروه‌­های اصلی دانشکده شناخته شد و از آن زمان تاکنون تحت عنوان "گروه انگل شناسی و قارچ شناسی پزشکی" به کار خود ادامه می­دهد. در حال حاضر 6 عضو هیئت علمی در سه بخش تک یاخته­ شناسی، کرم شناسی، قارچ شناسی مشغول فعالیت‌­های آموزشی و پژوهشی می‌­باشند.

گروه بیوشیمی بالینی از سال 1365 همزمان با تاسیس دانشکده تحت عنوان گروه بیوشیمی و تغذیه آغاز بکار نموده است. گروه بیوشیمی و تغذیه دانشکده پزشکی در جهت تقویت دانشگاه علوم پزشکی کاشان در حیطه‌های آموزشی و پژوهشی فعالیت‌های چشمگیری داشته است و اساتیدی من جمله مرحوم دکتر غلامرضا والی، دکتر عباس صمدی، دکتر محمود دوستی، دکتر پروین پاسالار، دکتر اکبر جعفرنژاد، دکتر محمدحسین اعرابی و دکتر سیدمهدی میرهاشمی در دوره‌های مختلف در این گروه فعالیت داشته‌اند. در سال 1392 گروه بیوشیمی و تغذیه به دو گروه مجزای بیوشیمی بالینی و تغذیه تفکیک و از آن تاریخ به بعد تحت نام گروه "بیوشیمی بالینی" به کار خود ادامه داده است. در حال حاضر در گروه 5 عضو هیئت علمی مشغول فعالیت می‌باشند. از سال 1392 گروه موفق به پذیرش دانشجوی کارشناسی ارشد شد.

گروه میکروب شناسی و ویروس شناسی دانشگاه علوم پزشکی کاشان در سال 1366 آغاز به کار نمود. این گروه در حال حاضر با به کارگیری متخصصین میکروب شناسی و ویروس شناسی به آموزش دانشجویان پزشکی، کارشناسی ارشد میکروب شناسی و دکترای تخصصی باکتری شناسی و مقاطع کاردانی و کارشناسی علوم آزمایشگاهی، پرستاری، مامایی، اتاق عمل، هوشبری، بهداشت خانواده، بهداشت محیط، بهداشت حرفه ای، مبارزه با بیماری ها و فن آوری اطلاعات و دستیاران عفونی پرداخته و آموزشهای لازم متناسب با رشته مربوطه را ارائه داده تا بتوانند از تخصص خود در خدمت به جامعه استفاده کنند. در ضمن گروه در زمینه‌ی بازآموزی پزشکان عمومی، متخصصین و پرسنل پیراپزشکی فعالیت مستمر دارد. گروه می‌کوشد با استفاده از منابع و فن آوری نوین، ابزار لازم برای مطالعه و تحقیق را برای اعضای هیات علمی و دانشجویان علاقه‌مند فراهم سازد تا به تولید و نشر علم بپردازند. اعضای هیات علمی متخصص در رشته میکروب‌شناسی و ویروس‌شناسی در واحدهای تابعه دانشگاه به بیماران خدمات تشخیصی ارائه می‌کنند.

با پذیرش اولین سری از دانشجویان پزشکی در سال 1365، گروه علوم تشریح تحت عنوان گروه مورفوآناتومی (MorphoAnatomy)در محل دانشکده دندانپزشکی فعلی شروع به کار کرد. در آن زمان در این گروه تمام دروس آناتومی، بافت‌شناسی، جنین‌شناسی و پاتولوژی برنامه‌ریزی می شد. پس از تکمیل و راه‌اندازی ساختمان جدید دانشکده پزشکی، گروه علوم تشریح در سال 1372 به مکان فعلی آن انتقال یافت. از این سال به بعد گروه تحت عنوان گروه علوم تشریح مسئولیت برنامه‌ریزی و تدریس دروس آناتومی و جنین‌شناسی را به عهده گرفت. از سال 1370 گروه نسبت به جذب اعضای هیئت علمی ثابت اقدام نمود. در سال 1388 گروه علوم تشریح دانشگاه با موافقت وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی نسبت به پذیرش دانشجویان در مقطع کارشناسی ارشد علوم تشریح اقدام نمود. مرکز تحقیقات علوم تشریح در سال 1387 تاسیس و در گروه علوم تشریح دانشگاه آغاز به کار کرد که پس از آن، این مرکز در مکان مرکز تحقیقات فعلی علوم تشریح ادامه فعالیت داد.

گروه فیزیولوژی و فارماکولوژی در سال 1365 در دانشکده پزشکی فعالیت خود را آغاز نمود. در سال 1390 گروه فارماکولوژی مستقل گردید و هم اکنون این گروه با حضور سه نفر عضو هیئت علمی فارماکولوژی در زمینه های آموزشی و پژوهشی مشغول فعالیت می باشد.

گروه فیزیولوژی و فارماکولوژی در سال 1365 در دانشکده پزشکی فعالیت خود را آغاز نمود. در سال 1390 گروه فیزیولوژی مستقل گردید و هم اکنون این گروه با حضور هفت نفر عضو هیئت علمی فیزیولوژی در زمینه های آموزشی و پژوهشی مشغول فعالیت می باشد.

گروه روانشناسی بالینی دانشگاه علوم پزشکی کاشان در سال 1391 با هدف تربیت نیروی انسانی ماهر و متخصص در حوزه روانشناسی بالینی و علوم مرتبط تاسیس شده است. از سوی دیگر این گروه با مرکز تحقیقات تروما در امور پژوهشی همکاری دارد.

گروه مطالعات اعتیاد دانشگاه علوم پزشکی کاشان از گروه‌های آموزشی نوپای دانشکده پزشکی است و در سال 1391 آغاز بکار نمود. در حال حاضر 5 عضو هیئت علمی در پنج بخش فارماکولوژی، مطالعات اعتیاد، روانشناسی بالینی، علوم اعصاب و روانپزشکی مشغول فعالیت می‌باشند.

گروه اخلاق پزشکی در سال 1396 به دنبال ابلاغ مصوبه شورای سیاستگذاری وزارت بهداشت مبنی بر ضرورت تشکیل گروه مستقل اخلاق پزشکی در دانشگاه‌ها، به همت ریاست اسبق محترم دانشکده پزشکی جناب آقای دکتر تقوی اردکانی و مدیریت آقای دکتر علی صابر تشکیل شد. گروه در محل دانشکده پزشکی (اطاق اساتید - طبقه اول) مستقر شد. با توجه به عدم وجود متخصص اخلاق پزشکی قبل از سال 1391 تدریس اخلاق پزشکی در این دانشکده اغلب توسط متخصصانی از رشته های معارف اسلامی بوده است که معمولا بر اساس علاقه فردی و بسته به میزان دسترسی شان به منابع، با مطالعه خودآموز، توانمندی نسبی در ارائه این درس به دست آورده بودند. سپس ازسال 1391 تا 1395 به عهده ی پزشک دارای MPH اخلاق پزشکی و دانشجوی PhD اخلاق پزشکی و از سال 1395 تاکنون به عهده پزشک و متخصص اخلاق پزشکی بوده است.

گروه علوم سلولی کاربردی دانشکده پزشکی دانشگاه علوم پزشکی کاشان با مصوبه دبیرخانه شورای آموزش علوم پایه پزشکی وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی در سال 1391 شروع به کار نمود. پذیرش دانشجوی مقطع دکترای علوم سلولی کاربردی برای دانشگاه علوم پزشکی کاشان در مورخه 29/8/1391 به تصویب دبیرخانه شورای آموزش علوم پایه پزشکی وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشکی رسید. جذب دانشجویان رشته برای اولین بار در بهمن 1391 شروع شد و پس از آن در سال 92 نیز یک گروه از دانشجویان در مقطع دکترا در این رشته پذیرفته شده اند. گروه توانست با توجه به ایجاد زیر ساخت مناسب و حضور اعضای هیأت علمی توانمند و نیز با موافقت بورد تخصصی مهندسی بافت و علوم سلولی کاربردی، پس از چند سال وقفه، مجدداً در سال 1400 دانشجوی مقطع دکترای تخصصی علوم سلولی کاربردی پذیرش نماید.

دروس آداب پزشکی در سال 1396 به برنامه آموزشی پزشکی عمومی اضافه گردید و از سال 1397 این دروس تحت نظر گروه روانشناسی بالینی دانشگاه علوم پزشکی کاشان برای دانشجویان سال اول رشته پزشکی ارائه گردید. در سال 1398 گروه مجازی آداب پزشکی دانشگاه علوم پزشکی کاشان متشکل از اساتید گروه های مختلف آموزشی دانشگاه از جمله گروه روانشناسی بالینی، اخلاق پزشکی، آموزش پزشکی و تمامی گروه های بالینی تشکیل گردید. این گروه با هدف آموزش آداب و مهارت های کلیدی که باید یک پزشک در حرفه طب برخوردار باشد، در دانشکده پزشکی آغاز به کار نمود. در این گروه سالانه به بیش از 100دانشجو دوره علوم پایه پزشکی عمومی، مهارتهای مقدماتی حرفه ای، اخلاقی، تحصیلی و ارتباطی آموزش داده می شود. فعالیتهای آموزشی این گروه در قالب 4 درس آداب پزشکی می باشد که هر درس در قالب 5/0 واحد عملی کارگاهی به دانشجویان سال اول و دوم رشته پزشکی عمومی ارائه می شود.

بر اساس بند 9 ازمادۀ 3 مصوبه جلسات 322- 324 شورای عالی انقلاب فرهنگی، در حال حاضر نظارت بر کیفیت ارایۀ دروس معارف اسلامی و ارزیابی گروه های معارف بر عهدۀ نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاهها (معاونت امور دفاتر، اساتید و مبلغان) قرار دارد و بر اساس مصوبۀ 249 جلسۀ مورخ 11/4/1370 شورای عالی انقلاب فرهنگی گروه معارف اسلامی در هر دانشگاه زیر نظر معاون آموزشی انجام وظیفه خواهد کرد. مطابق نامه شماره 16/242904 مورخه 10/7/86 معاون آموزشی وزارت بهداشت و مصوبه چهاردهمین جلسه کمیته معارف اسلامی وزارت بهداشت و درمان مورخه 14/6/86 مقرر گردیده است جایگاه گروه معارف اسلامی در دانشگاه های علوم پزشکی در دانشکده پزشکی قرار گیرد. مطابق مصوبه 347 مورخه 16/12/73 شورای عالی انقلاب فرهنگی، گزینش علمی و عمومی اساتید معارف اسلامی، ارزشیابی عملکرد و نظارت بر کیفیت ارائه دروس و تأیید مدیر پیشنهادی گروه معارف اسلامی قبل از معرفی، از سوی نهاد (معاونت امور اساتید و دروس معارف اسلامی) به صورت متمرکز انجام می پذیرد.